Il patrimonio della Biblioteca è consultabile attraverso due cataloghi , quello dell' Innocenti Research Centre dell'UNICEF ed il catalogo unico dell'Istituto degli Innocenti, costituito dal Sistema documentario del Centro nazionale di documentazione e analisi per l'infanzia e l'adolescenza.

Con la nascita della Biblioteca sono stati resi disponibili al pubblico i patrimoni dei due enti, preservando la specificità di ciascun catalogo